در کتاب «تاریخ اصفهان و ری» در مورد اولین مسجد در اصفهان چنین آمده: در زمان خلافت حضرت امیر علیه السلام در محلّه گلبهار، آنجا که مرقد شیعا و مقبره امام زاده اسماعیل است، مسجد بزرگی ساخته شده که بر پنجره آن به خط نسخ نوشته شده: اسمعیل بن زید بن حسن بن حسن بن علی بن ابیطالب. این مسجد سه هزار متر مساحت داشته و دارای کاشیهای معرّق و نقاشیهای منقّح و درهای منبّت چوبی که روی آنها فولادکاری بود و ضریح آن از فولاد طلاکوب ساخته شده و بسیار نفیس و زیبا بود. این قطعات گرانبهای فولاد در سال 1336 شمسی به سرقت رفت و بقیه در سالهای بعد تاراج شد. شبهای جمعه در امام زاده اسماعیل شمعهای کافوری بلند در شمعدانهای طلا روشن می کردند. این شمعها به قدری بلند بوده که جهت روشن کردن آنها از نردبان بالا می رفتند. اما اولین مسجد را اکثر مورخین در اصفهان مسجد جامع دانسته اند که از قدیمی ترین بناهای تاریخی اصفهان به شمار می رود و کتابخانه ای معظم و ایوانها و حجره های متعدّدی دارد و ابتدا از معابد و آتشگاههای زرتشتیان بوده است. در دوره صفویه بنا به نوشته شاردن، سیّاح فرانسوی تعداد مدارس مذهبی در اصفهان 57 باب ذکر شده، کتاب تاریخچه وقف، تعداد مساجد را 180 باب آورده است. همه این مدارس و مساجد و حوزوه های علمیه کتابخانه داشته و مدرسین دانشمند و بزرگی در آنجا تدریس می نمودند و به وعظ و خطابه می پرداختند.

بیشتر آنها دارای موقوفاتی بودند که مخارج آنها را تأمین می کرده است. بعضی از آنها دارای اطاقهای متعدّدی بوده که طلاب علوم دینی در آنجا به صورت شبانه روزی زندگی می کردند. اهم دانشمندان و فضلا و عرفایی که در این مراکز دینی به تدریس اشتغال داشتند عبارت اند از: علی بن سهل متوفی به سال 280 هجری، ابوالفرج اصفهانی متوفی به سال 360 قمری، حمزه اصفهانی متوفی به سال 360 قمری، حافظ ابونعیم متوفی در ابتدای قرن چهارم، ابوعبدالله معصومی متوفی در نیمه اول قرن پنجم، راغب اصفهانی متوفی به سال 565 قمری، ابوعلی مسکویه متوفی به سال 240 هجری، مفضل بن سعد بن حسین مافروخی، صاحب بن عبّاد و محقّق کرکی معروف به محقق ثانی. علاوه بر اینها بسیاری از دانشمندان معروف دیگر از جمله: ابن سینا، ملاصدرا، علاّمه مجلسی، میرداماد، میرفندرسکی، شیخ بهایی و در این اواخر نیز آیت الله حاج آقا رحیم ارباب و استاد جلال همایی، در حوزه های علمیه اصفهان به تدریس علوم اشتغال داشته اند. از بانوان فاضل و دانشمند، سرکار حاجیه خانم امین مجتهده مشهور و حاجیه خانم همایونی که از مؤسسین مکتب فاطمه در اصفهان بوده اند نیز از مدرسین عالیقدر و فاضل معاصر اصفهان به شمار می آیند. اصفهان به برکت وجود بسیاری از علما و فضلا و عرفا و شعرا و دانشمندان به دارالعلم شهرت داشته است. بیشتر دانش پژوهان و طلاّب علوم دینی به این شهر می آمدند و از دریای بی کران علوم دانشمندان اصفهانی کسب فیض می کردند و خود به درجات علمی و فقهی نایل آمده جهت تعلیم و تدریس به ممالک و شهرهای خود باز می گشتند.