قلعه اختیارالدین، که به نام ارگ بالاحصار نیز شناخته می‌شود، به معنای قلعه‌ای کوچک در دل قلعه‌ای بزرگ است و به عنوان محل سکونت حاکم یا پادشاه مورد استفاده قرار می‌گرفته است. این قلعه در بخش شمالی شهر، بین محله‌های قطبیچاق و بردارانی‌ها، بر روی تپه‌ای بلند واقع شده است. مساحت قلعه اختیارالدین حدود ۵۰۰۰ متر مربع است و بلندترین نقطه آن به ۲۰ متر می‌رسد.

در حال حاضر، قلعه دارای ۱۳ برج است و از خشت خام ساخته شده است. این بنا در قرن هفتم هجری توسط اختیارالدین مرمت شد و پس از خرابی‌های زمان مغولان، توسط ملک فخرالدین کرت مجدداً تعمیر شد. به دلیل مرکزیت حکومتی و نظامی قلعه، همواره در معرض تخریب و آسیب نیروهای مهاجم قرار داشته است. پس از حمله سال ۷۸۳ هجری قمری و تصرف شهر هرات، قلعه آسیب‌هایی دید که تا زمان حکومت شاهرخ به همان شکل باقی ماند و در سال ۸۱۸ هجری قمری (۱۴۱۶ میلادی) توسط شاهرخ، پسر تیمور، مرمت شد.

در دوران تیموریان، برج‌های قلعه اختیارالدین با تزئینات کاشیکاری آراسته شد. بقایای این کاشیکاری‌ها نشان می‌دهد که کتیبه‌ای عظیم به خط ثلث بر بدنه قلعه حکاکی شده بوده است و امروزه تزئینات کاشیکاری بر روی دو برج همچنان قابل مشاهده است. در پایین برج، کتیبه‌ای به خط کوفی سفید و در بالای آن، طرح‌های ترنجی با خطوط کوفی بنایی دیده می‌شود. به نقل از برخی منابع، در دوره تیموریه، داخل قلعه اتاقی به نام اتاق زرنگار وجود داشته که دیوارها و سقف آن با نقاشی و تزئینات هنری پوشیده شده بودند؛ اما متأسفانه این اتاق امروزه وجود ندارد.