اخراج پناهجویان افغان از پاکستان پیامدهای متعددی در سطح منطقه‌ای و بین‌المللی دارد. از جمله این پیامدها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

تضعیف روابط پاکستان و افغانستان: اخراج پناهجویان افغان از پاکستان واکنش منفی دولت افغانستان را در پی داشته است. ملا محمد یعقوب، سرپرست وزارت دفاع افغانستان، گفته است که پاکستان باید عواقب اخراج افغان‌ها را در نظر بگیرد. این امر می‌تواند به تشدید تنش‌ها بین دو کشور و تضعیف روابط دیپلماتیک آنها منجر شود.
افزایش ناامنی در افغانستان: بازگشت بیش از ۳۰۰ هزار پناهجوی افغان به افغانستان می‌تواند بر وضعیت ناامنی در این کشور تأثیر بگذارد. بسیاری از این پناهجویان از فقر و ناامنی در افغانستان فرار کرده‌اند و بازگشت آنها می‌تواند بار اضافی بر دولت طالبان وارد کند.
تغییر در ترکیب جمعیتی افغانستان: بازگشت پناهجویان افغان به این کشور می‌تواند بر ترکیب جمعیتی افغانستان تأثیر بگذارد. بسیاری از این پناهجویان تحصیل‌کرده و دارای مهارت هستند و بازگشت آنها می‌تواند به توسعه افغانستان کمک کند.

اقدامات سازمان ملل متحد
سازمان ملل متحد نسبت به اخراج پناهجویان افغان از پاکستان ابراز نگرانی کرده است. آژانس پناهندگان سازمان ملل متحد گفته است که این اقدام می‌تواند «عواقب جدی حفاظتی» برای زنان و دختران افغان داشته باشد. سازمان بین‌المللی مهاجرت نیز گفته است که این اقدام می‌تواند «به طور قابل توجهی» بر وضعیت انسانی در افغانستان تأثیر بگذارد.
سازمان ملل متحد از پاکستان خواسته است که در اخراج پناهجویان افغان از این کشور «احتیاط» کند و به وضعیت حفاظتی آنها توجه داشته باشد.