سید مجتبی فخرایی، فرزند سید مصطفی، در مرداد ۱۳۳۶ در محله شاهپور تهران و در خانواده‌ای مذهبی به دنیا آمد. پدربزرگ او از سادات محترم شهرستان خوانسار و پیش‌نماز مسجد آن شهر بود. دوران کودکی سید مجتبی را در همان محله و در کودکستان گذراند و سپس دوران ابتدایی را در دبستان عبرت واقع در خیابان مولوی تهران به پایان رساند.

در سال ۱۳۵۰، به علت علایق مذهبی خانواده، پدر او به شهرستان قم منتقل شد و سید مجتبی دوران دبیرستان را ابتدا در دبیرستان شهریار و سپس در دبیرستان حکیم نظامی قم به تحصیل پرداخت. او از همان دوران ابتدایی دانش‌آموزی ممتاز و باهوش بود و در امتحانات نهایی سال ششم ابتدایی در تهران، رتبه بالایی کسب کرد.

پس از دوران دبیرستان، به وسوسه برخی از دوستان، وارد نیروی هوایی شد. هرچند او زود از انتخاب خود پشیمان شد و دچار مشکلاتی گردید. در قم، به فعالیت‌های مذهبی و اجتماعی در هیئت به ریاست حاج آقا فیض پرداخت و در جلسات و جشن‌های شعبانیه آن هیئت فعال بود.

با شروع انقلاب اسلامی و تظاهرات مردمی در سال‌های ۵۶ و ۵۷، مشارکت او در جنبش‌های انقلابی افزایش یافت. به دلیل ترک محل خدمت در نیروی هوایی و فعالیت‌های انقلابی، او به مدت کوتاهی بازداشت شد، اما به رغم این مشکلات، همچنان به دنبال اهداف خویش بود.

سید مجتبی فخرایی در ۲۱ بهمن ۵۷ با دستور امام خمینی، به مقاومت در برابر گارد شاه در پادگان نیروی هوایی خیابان فرح‌آباد ژاله تهران پرداخت و در این درگیری‌ها به شهادت رسید. مراسم تشییع باشکوه او در ۲۳ بهمن ۵۷، از حرم حضرت معصومه تا قبرستان بقیع برگزار شد و در قطعه یک، ردیف ۱۴، قبر شماره ۲۰ آرام گرفت، که همان نمره تحصیلی او بود.

به قلم مادر شهید سید مجتبی فخرایی

با تشکر از آقای دکتر سید علی فخرایی، روانپزشک و برادر شهید عالیقدر.