پس از درگذشت میرزای قمی، علمای قم به ندرت در امور سیاسی دخالت می‌کردند، مگر در مواردی که ظلم و اجحاف آشکاری می‌دیدند و مردم به حقوق خود رجوع می‌کردند. یکی از نمونه‌های بارز این دخالت، نامه اعتراض‌آمیز ملا محمد صادق قمی به ناصرالدین شاه درباره ظلم و ستم کارگزاران به ویژه در حق اهالی قم است. این نامه به سال ۱۲۹۲ هجری قمری، هنگامی که او در حدود ۷۰ سالگی به تهران سفر کرد، به شاه نگاشته شد. محتوای این نامه نمایانگر وضعیت اجتماعی و سیاسی ایران و رابطه دین و دولت در آن زمان است.

نکات برجسته نامه ملا محمد صادق قمی به ناصرالدین شاه:

اجرای عدالت در جامعه:
قمی در نامه خود از ناصرالدین شاه می‌خواهد که عدالت و انصاف را در جامعه برقرار کند. او اظهار می‌دارد که قدرت ظلم در دست بسیاری از ارکان دولت است و عدالت تنها به اقشار پایین جامعه تعلق دارد. اگر فردی برای احقاق حق اقدام کند، او را به فساد عقیده متهم می‌کنند.

شکایت از مسئولان دولتی:
قمی به رفتار ناعادلانه مسئولان مالیاتی و دیگر عمال دولتی اشاره می‌کند و می‌گوید آنها کار را به گونه‌ای اداره می‌کنند که ظلم به یک امر عادی تبدیل شده است. او تاکید می‌کند که تصرف و غصب اموال مردم بی‌جواب می‌ماند.

اولی‌الامر دانستن شاه:
قمی برخلاف برخی علمای هم‌عصر خود، شاه را مانند اولی‌الامر می‌بیند و اظهار می‌دارد که نمی‌توان بی‌احترامی به دستورات شاه را پذیرفت.

تشریح اوضاع اجتماعی و اقتصادی:
قمی از وضعیت اجتماعی نابسامان و عدم رعایت احکام شرعی سخت گلایه می‌کند. او اشاره می‌کند که احترام به علما تضعیف شده و مردم دیگر به احکام شرعی توجهی نمی‌کنند. او همچنین از ازدواج‌های اجباری و فشارهای اقتصادی شکایت دارد، به طوری که جوانان فقیر قادر به ازدواج نیستند.

شکوه از غصب اموال شخصی:
در پایان، قمی می‌نویسد که اموالش توسط کارگزاران دولتی به ناحق تصرف شده و ارزش دست‌خط‌های شاه نزد عمال دولتی نابود شده است. او بر استقلال اقتصادی علما تأکید می‌کند و از وضعیت مظلومینی می‌گوید که با امید کمک مراجعه می‌کنند اما ناامید و مقروض بازمی‌گردند.

این نامه به خوبی ناملایمات اجتماعی و بی‌عدالتی‌های حکومتی دوران قاجار را به تصویر می‌کشد و تلاش‌های ملا محمد صادق قمی برای اصلاح این وضعیت را نشان می‌دهد.