شهر قم در دوران ایلخانیان، برخلاف دیگر شهرهای مذهبی شیعه‌نشین، دچار انحطاط شدیدی شد که به وضوح در مقایسه با دوران گذشته خود قابل مشاهده بود. عامل اصلی این انحطاط، ویرانی شبکه آبیاری رودخانه قمرود بود. به نظر می‌رسد در حمله مغول، تاسیسات آبرسانی قم به شدت آسیب دید و بسیاری از قنات‌ها و انهار ویران شد. این وضعیت برای قرن‌های بعدی پایدار ماند و در دوره قاجاریه، بنا به گفته محمدتقی ارباب، میرآب قنات ناصری، فقط ده نهر از انهار رودخانه قمرود باقی مانده بود و بقیه آنها خراب شده بودند. (منبع: ارباب، محمدتقی، تاریخ قم، جلد اول، ص. ۲۴۳)
عامل دیگر عدم توسعه و رشد قم در عهد ایلخانی، متروک شدن شاهراه خراسان بود. این شاهراه که در دوره خلفا عامل اصلی اعتبار و رونق قم بود، در این دوران دیگر مورد استفاده قرار نمی‌گرفت. حقوق دیوانی نسبتاً پایینی که از شهر و ولایت قم گرفته می‌شد (معادل چهار تومان مغولی) نیز نشان‌دهنده افول توانایی اقتصادی این ناحیه بود. (منبع: مستوفی، حمدالله، نزهة القلوب، ص. ۲۴۴)
با این وجود، شهر قم در دوره ایلخانی از لحاظ سیاسی و مذهبی همچنان از اهمیت بالایی برخوردار بود. این شهر از نظر مذهبی اعتبار ویژه‌ای داشت و به عنوان عمده‌ترین و معتبرترین مرکز شیعیان عراق عجم شناخته می‌شد. اکثریت شیعیان در ناحیه مرکزی ایران در این دوره در قم سکونت داشتند. در دوره ایلخانی، اداره قم همانند دیگر شهرهای مذهبی شیعه، در دست نقیب شهر بود. از نقبای مشهور قم در این عهد، فخرالدین ابوالحسن علی علوی حسینی قمی است که ابن فوطی از او یاد کرده است. (منبع: ابن فوطی، محمد بن عبدالقادر، تاریخ حلب، جلد سوم، ص. ۲۴۴)
همچنین قم از نظر سیاسی نیز شهر معتبری بود و به عنوان مرکز تومان، شهرها و نواحی زیادی تابع آن بودند. حمدالله مستوفی در توصیف قم در اواخر دوره ایلخانی می‌نویسد: "هوای آن معتدل است. از ارتفاعاتش غله و پنبه بسیار است و از میوه‌هایش انار و فستق و خربزه و انجیر سرخ نیکوست. مردم آنجا شیعه اثنی عشری‌اند و بغایت متعصب و اکثر آن شهر اکنون خراب است... و حقوق دیوانی آن به تمغا مقرر است و از آن شهر و ولایت چهار تومان باشد." (منبع: مستوفی، حمدالله، نزهة القلوب، ص. ۲۴۵)