در سال 438 طغرل مؤسس دولت سلجوقی به عزم تسخیر اصفهان شهر را در محاصره گرفت امْا قادر به گشودن آنجا نشد و ابومنصور فرامرز کاکویه بنیره علاء الدوله در مقابل سلطان سلجوقی سخت پایداری کرد

عاقبت طغرل خطبه بخواند و از سر فتح اصفهان گذشت.

طغرل بار دیگر در محرم سال 442 اصفهان را محاصره کرد و کسال تمال شهر را محصور نمود و مردم را در زحمت شدید انداخت عاقبت در سال 443 "محرم" به تسخیر اصفهان نایل آمده دولت دیالمه کاکویه را از این شهر برانداخت و ابومنصور فرامرز را از جانب خود به حکومت یزد و ابرقو فرستاد. ناصرخسرو قبادیانی (394-481 هجری) شاعر و جهانگرد و معروف ایران در قرن پنجم هجری که مقارن این ایام اصفهان را دیده است می گوید: من در همه ی زمین پارسی گویان شهری نیکوتر و جامع تر و آبادان تر از اصفهان ندیدم طغرل مؤسس دولت سلجوقی از شوال 429 تا رمضان 455 قریب 26 سال سلطنت کرد و در سن 70 سالگی در ری وفات نمودو وزارت خواجه نظام الملک مورد توّجه پادشاه و وزیر او بود...

اصفهان در دوره ملکشاه
ملشکاه به هر جهت بزرگترین سلاطین سلجوقی استاد و دولت سلجوقیان در عهد او به منتهای وسعت و عظمت خود رسیده است. چه از حد چین تا مدیترانه و از شمال دریاچه خوارزم و دشت قبچاق تا ماوراء یمن به نام او خطبه می خوانند و امپراتور روم شرقی و امرای عیسوی گرجستان به او خراج و جیزه می دادند و اصفهان درعهد او و خواجه نظام الملک از مهمترین بلاد دنیا و یکی از آبادترین آنها بوده و این پادشاه و وزیر و عمال و اعیان دیگر سلجوقی به ساختن ابنیه های بزرگ پرداختند که هنوز تعدادی از آنها برجاست. ملکشاه بعد از پدر خود الب ارسلان رسما"اصفهان را به پایتختی خویش انتخاب نمود و عمارتهای بسیار از کوشکها و باغها به دستور او به وجود آمد. مانند: باغ کاران، باغ فلاسان و باغ احمد سیاه، باغ بکر، قلعه شهر و دز کوه، مهمّترین این باغها " باغ کاران" بوده است که دو قصر داشته یکی مشرف بر زاینده رود و دیگری به طرف میدان شهر و بین آنها قلعه ها و عمارات قرار داشته است.

می گویند محله خواجوی امروز قسمتی از باغ کاران دوره ملکشاه سلجوقی است. باغ کاران تا قرن هشتم هجری نیز شهرت دوره سلجوقی بوده است. زیرا در سال724 به وسیله استاد سطرالدین هروی در "نسخه فردوس اعلی اصفهان است اصفهان" قصیده ای در وصف اصفهان چنین یاد می کند: هر که را بیتی همه لطف است و احسان و کرم هر کجا باشی همه آب است و باغ و بوستان آب حیوان است گویی پیش بستان ارم زنده رود او که دارد باغ کران بر کران "و حافظ از اصفهان چنین یاد می کند": گرچه صد رود است در چشمم مدام زنده رود و باغ کاران یاد باد از مهّمترین آثار دوره ملکشاه سلجوقی یکی گنبد خواجه نظام الملک است و دیگری گنبد تاج الملک که در مسجد جامع اصفهان می باشد گنبد خواجه نظام الملک در طرف جنوب اصفهان و تاج الملک در شمال مسجد که هر دو گنبد به شیوه ساختمان آتشکده ها بنا شده است. و کلا" مهّمترین بنای تاریخی ایران از دوره سلاجقه با اضافات و الحاقات سلسه های بعد از سلاجقه تا عصر حاضر، مجموعه ای از سبکهای مختلف معماری و تزئینی چهارده قرن تاریخ اسلامی ایرانی است "تحولات خطوط مختلف کوفی انواع خط ثلث، نستعلیق و خطوط فراوان بنایی را در الواح و کتیبه های این مسجد می توان مطالعه نمود. " و مدرسه خواجه نظام الملک که این مدرسه در محله دردشت و نزدیک به مسجد جامع بوده است ولی امروزه وجود ندارد.