مسجدسید بزرگترین و مشهورترین مساجد اصفهان از قرن سیزدهم هجری است که به وسیله حجه الاسلام حاج سیدمحمدباقر شفتی (1180-1260) از روحانیون بزرگ اصفهان و از مراجع عالیقدر شیعه در اواخر نیمه اول قرن سیزدهم هجری ساختمان آن شروع شده و کاشیکاری آن تا پایان نیمه دوم آن قرن ادامه داشته است به این معنی که چون عمر حجه الاسلام برای اتمام تزئینات آن کفایت نکرده قسمتی به وسیله فرزندش حاج سید اسداله (سیدثانی) و قسمتی به وسیله نواده اش حاج سید محمد باقر به اتمام رسیده ولی هنوز تزئینات قسمتهایی از آن همچنان ناتمام مانده است. مسجد سید برای مطالعه کاشیکاری عهد قاجاریه بهترین نمونه بناهای موجود اصفهان است همچنین این مسجد به لحاظ هنر معماری، گره کاری، خط بنایی و کاشی هفت رنگ از بهترین آثار دوره قاجار می باشد. مسجد سید با چهار درب اصلی، دو شبستان بزرگ، دو گنبد کوچک و بزرگ، دو چهلستون، دو مهتابی وسیع کف حیاط، چهار مهتابی طبقه پایین، سه ایوان و یک گلدسته معظم، ساعتی رفیع و بیش از 45 حجره و چند دهلیز و جمعا" 8075 متر مربع وسعت دارد. سردر شمالی مسجد که ورودی اصلی آن به حساب می آید دری رفیع با دو سکو است که طرفین آن را تزئیناتی از کاشی هفت رنگ و گل و بوته و کتیبه هایی به خط ثلث قرار گرفته اند که در جنوب غربی مسجد هم با کاشیهای هفت رنگ و کتیبه ها تزئین شده است. نویسنده کتیبه های این سردر مرحوم محمّد باقر شیرازی خوشنویس بزرگ عصر قاجار است. در دو طرف شرق و غرب مسجد چهار مهتابی ساخته شده اند در اطراف ایوانها حجراتی برای سکونت طلّاب علوم دینی احداث شده اند. در بالای ایوان جنوبی ساعت بزرگ مسجد قرار دارد که در اصفهان مشهور است. در شمال شرقی مسجد آرامگاه حجه الاسلام شفتی واقع شده که بقعه و رواقی مقابل آن است داخل این بقعه و رواق با تزئینات کاشیکاری و گچبری آراسته شده است. در بالای سردر ورودی بقعه تاریخ فوت حجه الاسلام شفتی با خط ثلث نوشته شده است. مسجد سید علاوه بر جنبه های معماری و کاشیکاری و تزئینات به دلیل تأثیری که در آن عصر در هنر کاشیکاری داشت در بین آثار کشور ما جایگاه والایی دارد. توضیح اینکه در آن روزگاران با رکوردی که از نظر وضع اقتصادی گریبان گیر کشور ما شده بود کاشیکاری و بطور کلی مسجد سازی دچار وقفه محسوس شد. بنابراین احداث این مسجد، ساخت مساجد را بار دیگر در ایران رونقی بخشید. مسجدسید به شماره387 در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.