مبنای الزام آور بودن تصمیمات دیوان بین المللی کیفری، ترکیبی از دو عامل است:

مکتب حقوق طبیعی

مکتب حقوق طبیعی معتقد است که برخی از قواعد و اصول حقوقی، دارای ماهیت فطری و فراگیر هستند و از اراده انسان ها و دولت ها مستقل می باشند. این قواعد و اصول، بر اساس وجدان اخلاقی و عقل سلیم شناخته می شوند و در همه زمان ها و مکان ها، باید رعایت شوند.
بر اساس این مکتب، جرائم تحت صلاحیت دیوان بین المللی کیفری، از جمله جنایات جنگی، جنایات علیه بشریت و جنایت نسل کشی، از مصادیق نقض حقوق طبیعی بشر هستند. بنابراین، تصمیمات دیوان که در راستای محاکمه و مجازات مرتکبان این جرائم صادر می شوند، از لحاظ اخلاقی و عقل سلیم، الزام آور هستند.

مکتب حقوق ارادی

مکتب حقوق ارادی معتقد است که منشا حقوق و قواعد بین المللی، اراده دولت ها است. این قواعد و اصول، با توافق دولت ها ایجاد می شوند و تنها برای دولت هایی الزام آور هستند که به آنها رضایت داده اند.
بر اساس این مکتب، اساسنامه دیوان بین المللی کیفری، یک معاهده بین المللی است که توسط 123 دولت تصویب شده است. این اساسنامه، صلاحیت دیوان را در رسیدگی به جرائم تحت صلاحیت دیوان، مشخص می کند. بنابراین، تصمیمات دیوان که در راستای اجرای این صلاحیت صادر می شوند، برای دولت هایی که به اساسنامه دیوان رضایت داده اند، الزام آور هستند.
در عمل، مبنای الزام آور بودن تصمیمات دیوان بین المللی کیفری، ترکیبی از دو مکتب حقوق طبیعی و ارادی است. از یک سو، دیوان بین المللی کیفری، بر اساس اساسنامه خود، صلاحیت رسیدگی به جرائمی را دارد که از لحاظ اخلاقی و عقل سلیم، قابل نکوهش هستند. از سوی دیگر، اساسنامه دیوان، یک معاهده بین المللی است که توسط تعدادی از دولت ها تصویب شده است. بنابراین، تصمیمات دیوان که در راستای اجرای صلاحیت خود صادر می شوند، برای این دولت ها، الزام آور هستند.
البته، برخی از دولت ها، عضو اساسنامه دیوان بین المللی کیفری نیستند. این دولت ها، به لحاظ حقوقی، ملزم به اجرای تصمیمات دیوان نیستند. با این حال، دیوان بین المللی کیفری، می تواند از طریق اقدامات سیاسی و دیپلماتیک، از این دولت ها بخواهد که با دیوان همکاری کنند.
در مجموع، می توان گفت که مبنای الزام آور بودن تصمیمات دیوان بین المللی کیفری، ترکیبی از دو عامل است:

ماهیت فطری و فراگیر برخی از قواعد حقوقی
اراده دولت ها در تصویب اساسنامه دیوان

البته، این مبنا در عمل، با چالش هایی مواجه است. برخی از دولت ها، به دلایل سیاسی یا اقتصادی، تمایلی به همکاری با دیوان ندارند و از اجرای تصمیمات آن خودداری می کنند. دیوان بین المللی کیفری، برای مقابله با این چالش ها، تلاش می کند تا از طریق اقدامات سیاسی و دیپلماتیک، از دولت ها بخواهد که با دیوان همکاری کنند.