خلیل ملکی به دو معنا از روشنفکری غیرعادی بود. نخست، از جهت تدوین و مبارزهٔ صریح برای نظراتی که برای بخش عمده‌ای از روشنفکران معاصر و مراکز قدرت سیاسی (اعم از دولت یا اپوزیسیون) قابل پذیرش نبود. به عبارت دیگر، او «بیش از حد بدیع و خلاق» بود و به همین دلیل ممکن بود نه‌تنها در ایران، بلکه در هر جای دیگری نیز در انزوا قرار گیرد. هرچند در یک جامعهٔ پیشرفته احتمالاً هزینهٔ کمتری را متحمل می‌شد.

دومین نکته، که در واقع پیامد قهری این امر است، تضاد با باورها و روش‌های اساسی سیاسی در ایران، اعم از رژیم و اپوزیسیون بود. این امر موجب شد که او علیه نظریهٔ ظاهراً تغییرناپذیر توطئه در سیاست مبارزه کند، از دموکراسی سوسیالیستی پارلمانی و احترام به آزادی‌های فردی پشتیبانی کند و اتاتیسیم را در برنامه‌ریزی برای توسعه رد نماید. افزون بر این، او حامی گفت‌وگوی سیاسی بود و عملاً نیز بدان پرداخت و به جای انقلاب بر اصلاحات اساسی اجتماعی و سیاسی تأکید کرد، از جمله دموکراسی، اصلاحات ارضی و حقوق زنان.

شگفت‌آور نیست که او توسط مراکز قدرت سیاسی - اعم از دولت یا اپوزیسیون - تا سال ۱۳۷۰ طرد و محکوم و مورد آزار و اذیت قرار گرفت. اما از این زمان به بعد، گرایش به اندیشه‌های او بیشتر شده و محبوبیت زیادی یافته است.

بنابراین، میراث روشنفکری ملکی تنها به سیاست‌های خاصی که او زمانی در ایران از آن‌ها پشتیبانی کرد محدود نمی‌شود، بلکه عمدتاً به نگرش انتقادی، باز و غیرجزم‌گرایانه او مربوط می‌شود که می‌تواند شامل نکاتی باشد که سنت‌گرایان و عقل‌گرایان هر زمان و مکانی می‌توانند از آن درس‌های ارزشمندی بیاموزند.