سیدمجتبی فخرایی فرزند سیدمصطفی در مرداد ۱۳۳۶ در شهر تهران و محله شاهپور در خانواده‌ای با پیوندهای مذهبی به دنیا آمد. پدربزرگ وی از سادات محترم شهرستان خوانسار و در کسوت روحانیت و پیش‌نماز مسجد آن شهر بود، دوران کودکی را همان محله و در کودکستان گذراند و دوران مدرسه ابتدایی در دبستان عبرت خیابان مولوی پشت سر گذاشته شد. به علت علایق مذهبی پدر در سال ۱۳۵۰ به شهرستان قم منتقل شدند و دوران دبیرستان تا ورود به نیروی هوایی را در دبیرستان شهریار و سال آخر در دبیرستان حکیم نظامی تحصیل کرد. ایشان در تمام طول تحصیل از همان ابتدایی از دانش‌آموزان ممتاز و باهوش بود. در امتحانات نهایی سال ششم ابتدایی آن زمان در تهران رتبه بالایی کسب کردند.
حسب هیجانات دوران جوانی و به وسوسه تنی چند از دوستان پس از دوران دبیرستان وارد نیروی هوایی شد. همانطور که انتظار می‌رفت بسیار زود پشیمان شد و بنای ناسازگاری و مقابله گذاشت که سبب دردسرهایی نیز در آن زمان برایش شد. در هنگام تحصیل در قم در هیئتی مذهبی به ریاست حاج آقا فیض شرکت داشت و در جلسات و جشن‌های شعبانیه آن هیئت فعالیت چشمگیری از خود نشان می‌داد و ظاهراً آن هیئت در رابطه با مبارزین انقلابی لبنان نیز بوده است. با این گرایش‌ها با شروع انقلاب و تظاهرات مردمی سال ۵۶ و ۵۷ مشارکت ایشان بیشتر و بیشتر شد به شکلی که به علت ترک محل خدمت (نیروی هوایی) سبب بازداشت کوتاه مدت هم شد. با اینحال ایشان به دنبال اهداف خویش بود و با اینکه به دلیل تسلط بر زبان انگلیسی و کار تخصصی‌شان در نیروی هوایی که بجز آمریکا کمتر کسی از عهده آن برمی‌آمد رغبتی به ادامه همکاری نیروی هوایی رژیم شاه نشان نمی‌داد.
در نهایت روز ۲۱ بهمن ۵۷ و با دستور امام خمینی دال بر مقاومت در برابر گارد شاه در پادگان نیروی هوایی خیابان فرح‌آباد ژاله تهران به زدوخورد مسلحانه با گارد شاه پرداختند و در این درگیری‌ها به فیض شهادت نایل آمدند و مثل تمام دوران تحصیل با نمره عالی از این دنیا رخت بر بستند و به دیار باقی شتافتند. روحشان شاد.
در مراسمی با شکوه پیکر پاک ایشان در روز ۲۲ بهمن ۵۷ پیاده از حرم حضرت معصومه تا قبرستان بقیع بر دوش هزاران نفر تشییع شد و در قطعه یک ردیف ۱۴ قبر شماره ۲۰ (همان نمره تحصیلی‌اش) آرام گرفت.
به قلم مادر شهید سید مجتبی فخرایی
با تشکر از آقای دکتر سید علی فخرایی
روانپزشک و برادر شهید عالیقدر